RNR gryninimo kolonelemis su stiklo plastiko filtru ypatumu tyrimai
RNR polimerazė katalizuoja RNR sintezę, prijungia ribonukleotidus prie polinukleotidinės grandinės ribozės 3′-hidroksigrupės ir RNR molekulė ilgėja 5’→3′ kryptimi. RNR polimerazės veikimui būtina DNR. Reakcija greičiausiai vyksta, kai naudojama dvigrandė DNR. Sintezės metu DNR molekulės dvi grandinės yra išsukamos ir ant vienos iš jų sintetinama RNR. Užpildo (matrikso) DNR grandinė yra kopijuojama 3ꞌ→5′ kryptimi, o RNR sintetinama 5’→3′ kryptimi. Bazės įterpiamos pagal komplementarumo principą, prieš adeniną įterpiamas uracilas (DNR molekulėje prieš adeniną įterpiamas timinas), o prieš guaniną - cirozinas.
Bakterijose visų rūšių RNR sintezę katalizuoja RNR polimerazė. Fermentas, išskirtas iš E. coli, yra baltymų kompleksas, sudarytas iš skirtingų subvienetų tipų, jo molekulinė masė siekia 500 kDa. Penki subvienetai: α2ββω susijungia ir sudaro RNR polimerazės šerdį, t. y. baltymų kompleksą, dalyvaujantį daugelyje nurašymo (transkripcijos) reakcijų. Prie šerdies baltymo per ω subvienetą yra prijungiamas σ subvienetas (jis taip pat vadinamas sigma veiksniu). Jis turi labai didelę įtaką nurašymo (transkripcijos) pradėčiai - atpažįsta DNR aktyviklį (promotorių). Skirtingi σ subvienetai atpažįsta tam tikrus aktyviklius (promotorius). Sigma veiksnys, susijungęs su polimerazės šerdimi, sudaro holofermentą. β ir βꞌ subvienetai sudaro aktyvųjį fermento centrą. α subvienetas yra karkasas, ant kurio susirenka kiti subvienetai. Mažojo ω subvieneto funkcija dar ne visai ištirta.
Molekulinė diagnostika (PGR - polimerazinės grandininės reakcijos tyrimas) yra pats moderniausias ir tiksliausias laboratorinės diagnostikos metodas. Šis tyrimas leidžia tiesiogiai mėginyje aptikti net ir minimalius ligų sukėlėjų (bakterijų, virusų ar grybelių) genetinės medžiagos (DNR ar RNR) kiekius. Pavieniai LPI patogenai (PGR): Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis, Trichomonas vaginalis bei Ureaplasma spp. Bakterinės vaginozės nustatymas (PGR): Kompleksinis tyrimas, vertinantis Gardnerella vaginalis, Atopobium vaginae bei apsauginių Lactobacillus spp. Aukšto tikslumo PGR tyrimų rezultatai reikalauja profesionalaus medicininio įvertinimo.
Pagrindinės Zymo veiklos sritys apima epigenetiką, mikrobiomiką, molekulinę diagnostiką ir naujos kartos sekoskaitą (NGS). Taip pat siūlomi ChIP rinkiniai ir reagentai patikimai chromatino imunoprecipitacijos analizei. Mikrobiomo analizė ir metagenomika Pramonės etalonais tapę ZymoBIOMICS® standartai bei mikrobinės DNR išgavimui skirti rinkiniai - nešališkai ir tiksliai mikrobiomų analizei. Bendrovės būstinė įsikūrusi Irvine, Kalifornijoje (JAV). Zymo Research turi modernias tyrimų, gamybos ir bioinformatikos laboratorijas. Įmonė nuosekliai siekia mokslinio tikslumo, o kiekvienas produktas yra griežtai validuojamas ir atitinka aukščiausius kokybės standartus - tai leidžia tyrėjams pasiekti patikimus, publikavimui paruoštus rezultatus. Zymo Research garsėja paprastumu, patikimumu ir inovatyvumu - jų sprendimai ženkliai padeda tyrėjams dirbti greičiau, tiksliau ir efektyviau.
RNR interferencija (RNRi) - tai procesas, kurio metu trumpos 20-30 nukleotidų ilgio RNR molekulės yra panaudojamos eukariotinių, įskaitant žinduolių, ląstelių genų veiklos reguliavimui ir apsaugai nuo svetimos (virusų arba transpozonų) RNR. Eukariotuose yra išskiriamos 3 trumpų reguliacinių RNR klasės - siRNR, miRNR ir piRNR. Visoms joms bendra yra tai, kad mažosios RNR yra sujungiamos su ląstelės baltymais į efektorinį ribonukleoproteininį kompleksą (RNP), kuris, naudodamas mažąją RNR kaip vedlį, atpažįsta mažajai RNR komplementarius RNR taikinius, kuriuos sunaikina. Ar panašūs į RNRi procesai vyksta prokariotuose ilgą laiką nebuvo žinoma. Tik 2007 m., atradus naują prokariotų apsaugos nuo virusų (bakteriofagų) sistemą CRISPR/Cas, buvo iškelta hipotezė, kad ši sistema gali veikti panašiai kaip RNRi eukariotuose.
Mūsų projektas yra skirtas galimo RNRi mechanizmo bakterijose tyrimui kaip modelį panaudojant IIIA tipo CRISPR/Cas modelinę sistemą iš Streptococcus thermophilus bakterijų. Mūsų atlikti preliminarūs eksperimentai parodė, kad šios sistemos efektorinis kompleksas sugeba fiksuotose vietose hidrolizuoti RNR molekules in vitro. Projekto metu mes nustatysime RNP komplekso sudėtį ir apibūdinsime komplekse surištą RNR molekulę. Taip pat sieksime identifikuoti baltymą, kuris yra atsakingas už RNP komplekso aktyvumą ir ištirsime RNR taikinio hidrolizės mechanizmą. Modeliniu taikiniu pasirinkę GFP (angl. green fluorescent protein) tiksliai nurodoma, kad ...
Šio tyrimo kontekste svarbu suprasti, kad RNR gryninimą ir filtruotas technologijas galima taikyti imuninių sekų analizėse ir diagnostikoje, siekiant pagerinti tikslumą ir greitį. Tokia integracija leidžia kurti patikimesnes diagnostikas, kurios būtų jautrios net mažiems genų etapams identifikuoti.
tags: #rnr #gryninimo #kolonelemis #su #stiklo #pluosto
